O Museu do Homem do Nordeste, criado em 1979, reúne acervos de três outros museus: o Museu de Antropologia, do antigo Instituto Joaquim Nabuco de Pesquisas Sociais (IJNPS), atual Fundação Joaquim Nabuco, inaugurado em 1965.

O Museu do Homem do Norte foi inaugurado no dia 13 de março de 1985, no centro de Manaus, Amazonas, em um prédio cedido por meio de comodato pela Prefeitura da Cidade.

Idealizado pelo padre jesuíta Giovanni Gallo, o Museu do Marajó, localizado no município de Cachoeira do Arari, na Ilha do Marajó, Pará, é um centro de memória do povo marajoara. Peças de cerâmicas arqueológicas — que datam de 400 a 1300 AD.

Em 1972, na antiga Estação Central, hoje Metrô do Recife (METROREC), foi criado o Museu do Trem. Este teve como patrono o sociólogo e antropólogo Gilberto Freyre e foi orientado pelo então Instituto Joaquim Nabuco de Pesquisas Sociais, hoje Fundação Joaquim Nabuco.

O Museu do Xapury está localizado no município de Xapuri, no estado do Acre, região Norte do Brasil. Inaugurado em 3 de agosto de 2005, tem a missão de retratar a história da cidade e da sua população.