Erguida com o propósito de defender a Amazônia, em especial diante da perspectiva de uma invasão francesa (os franceses já haviam ocupado o território da Guiana), ocupa uma extensa área na margem esquerda da foz do rio Amazonas, na capital do Amapá, fundada em 1758.

O nome da instituição é uma homenagem a um curandeiro local, Raimundo dos Santos Souza, o Sacaca, que realizou um importante trabalho para a população do estado na área da medicina natural.