A história da Fundação Joaquim Nabuco começa em 1947, ano em que se comemorava o centenário de nascimento de Rui Barbosa, quando o então deputado Gilberto Freyre, no dia 20 de maio, proferiu um discurso defendendo a importância de também ser comemorado o centenário de nascimento de Joaquim Nabuco.

O Museu do Homem do Nordeste, criado pelo sociólogo Gilberto Freyre em 21 de julho de 1979, nasceu da fusão de três outros museus: Museu de Antropologia (1961-1979) que pertencia ao então Instituto Joaquim Nabuco de Pesquisas Sociais, Museu de Arte Popular (1955-1966) ligado ao Governo do Estado.